Основными научными направлениями КГАФКиС являются:
• Мониторинг физического развития, физической подготовленности студентов и адаптация организма к физическим нагрузкам. Оптимизация физического воспитания школьников, проживающих в условиях горной среды;
• Учебно-методические и исторические аспекты национальных видов спорта и физической культуры (ордо, тогуз коргоол, кулатуу, ат оюндары и др.);
• Этно-педагогические, медико-биологические, естественно-научные, языковые и философские вопросы физического воспитания и спорта;
• Актуальные проблемы теории и практики традиционной физической культуры и этно-спорта. Повышение специальной работоспособности спринтеров высокой квалификации с использованием нетрадиционных средств спортивной тренировки. Вопросы тренировки спортсменов в условиях среднегорья.