Кыргызский государственный институт физической культуры открыт по распоряжению Совета Министров СССР от 15 июля 1955 года № 5353-Р Постановлением Совета Министров Киргизской ССР.
При формировании коллектива преподавателей и в организации КГИФКа большую помощь оказали физкультурные институты братских республик. Наиболее значимую помощь оказал Ленинградский государственный дважды орденоносный институт физической культуры имени П.Ф.Лесгафта, который направил 17 своих специалистов и выпускников для работы в КГИФК. Среди них были — первый ректор нашего института, к.н.н, доцент Леонид Федорович Егупов.
Ряды педагогов постепенно росли и пополнялись за счет направляемых на работу в Киргизию специалистов по спорту из других республик и из наиболее способных своих выпускников. В 1965 году, в годовщину своего десятилетия, коллектив института получил от правительства республики новое здание учебного корпуса ( ул. Ахунбаева, 97). Начало работы на новой учебно-спортивной базе стало рождением нового этапа во всей деятельности коллектива института. Заметных успехов стали добиваться студенты- спортсмены в республиканских, Всесоюзных и Международных соревнованиях. Примерно третью часть состава сборных команд по гимнастике, легкой атлетике, боксу, борьбе вольной и классической, велоспорту, волейболу, баскетболу и некоторым другим видам составляли студенты и преподаватели института. 14 сентября 1971 года Указом Президиума Верховного Совета Киргизской ССР « За заслуги в деле подготовки кадров и развития физкультурного движения в республике» КГИФК был награжден грамотой Президиума Верховного Совета республики. В 80-е и 90-е годы XX века КГИФК внес существенный вклад в подготовку спортсменов высокого класса и сборных команд для участия в Олимпийских играх, в разработку научных проблем спорта и пропаганде физической культуры и спорта среди населения Кыргызстана. КГИФК в центре своего внимания всегда держал вопрос обеспечения качества обучения и подготовки кадров. Особое место в деятельности института занимало проведение Всесоюзного конкурса — олимпиады «Студент и научно-технический прогресс» по специальности «Теория и методика физического воспитания». Студенческая команда КГИФК всегда входила в шестерку сильнейших институтов, а в 1987 году заняла первое место. Коллектив института оказывал помощь школам, спортивным организациям республики. Во время педагогической практики студенты проводили не только уроки физкультуры, вели работу в спортивных секциях, группах лечебной физической культуры, а также проводили спортивно-массовые мероприятия. С помощью студентов-практикантов тысячи школьников сдали нормы и требования комплекса ГТО. Студенты института, участвуя на международных и всесоюзных соревнованиях, завоевывали медали различных достоинств. Алиса Антипина стала двукратной чемпионкой мира по баскетболу; Ахмед Анарбаев был участником XIX Олимпийских игр и рекордсменом Европы по плаванию; Александр Абушахмедов и Леонид Дунаев — чемпионы мира по фехтованию на шпагах; Леонид Иванов — пятый призер XV111 Олимпийских игр, чемпион СССР в беге на 10000 м.; Александр Водоватов — двукратный чемпион мира по гребле на байдарках; Сатымкул Джуманазаров — призер игр XXII олимпиады в арафонском беге; Вера Корсакова — рекордсменка мира в беге на 80 м. с барьерами; Орзубек Назаров — семикратный чемпион мира по профессиональному боксу. К руководству сборными командами республики по видам спорта пришли наиболее подготовленные тренеры из числа выпускников института. Лучшие из них: Семен Иткин, Лев Эльтерман, Анатолий Вогуль, Виктор Борисов, Сарыгул Чекиров, Алмаз Касенов, Александр Воинов, Ратбек Мамбетов, Усен Майназаров, Эмиль Алыкулов и другие, подготовившие чемпионов олимпийских игр, чемпионов мира, победителей и призеров Азиатских игр. В 1995-2000 годах в КГИФК осуществлен переход на многоуровневую систему образования, предполагающую наряду с выпуском специалистов физической культуры, присвоение им академической степени «бакалавр» и «магистр физической культуры». 3 мая 2005 года Указом Президента Кыргызской Республики институт был преобразован в академию физической культуры и спорта. Сегодня в академии функционируют педагогический и национальной виды спорта, тренерский факультеты, факультет допризывной подготовки и физической культуры, факультет повышения квалификации и переподготовки кадров, заочное отделение, аспирантура, магистратура, научно-учебный центр, библиотека. За годы своего функционирования КГАФКиС подготовил более 13тыс. специалистов с высшим физкультурным образованием. КГАФКиС располагает современной учебно-¬научной и спортивной базами: футбольно-¬легкоатлетический манеж, гимнастический зал, залы тяжелой атлетики, борьбы, бокса, спортивных игр, таэквондо, стадион, плавательный бассейн. В 30 километрах от г. Бишкек имеется лыжная и туристическая база «Спорт». Научный парк академии оснащен современной научной аппаратурой и оборудованием на сумму более 5 млн. сомов. Одним из основных направлений деятельности академии, является медицинский цикл дисциплин и научный исследований. В соответствии с учебным планом при подготовке специалистов преподаются анатомия, физиология, гигиена, спортивная медицина, валеология. Около 70 % научных тем выполняются по этим направлениям. Соответственно и ученые по медицинским и биологическим направлениям составляют большинство. Институт имеет 2 студенческих общежития (640 мест). Общий контингент студентов составляет около 1650 студентов. Обучение студентов осуществляется с отрывом и без отрыва от производства на бюджетной и контрактной основах. К своему 60 — летию Кыргызская государственная академия физической культуры и спорта подошла с заметными успехами и достижениями Можно отметить, что суверенный Кыргызстан имеет вполне опытный коллектив высшего учебного заведения, способный решать вопросы подготовки кадров с высшим физкультурным образованием и спортсменов высокой квалификации.